魂斗罗4铁血兵团游戏系统较之SFC前作有了显著改变。游戏角色增加至四名，玩家在游戏启动前可自由选择角色。 了血格设定，每条命拥有三格血，但美版中此设定被取消。操作方面，为了适应MD手柄，进行了以下设定：A键用于武器切换；B键负责射击；C键则用于跳跃。X键或A+B键组合切换射击状态；下+C键执行滑铲动作。前作中的“定位射击”得以保留，新动作“滑铲”加入，滑铲状态下玩家处于 状态。武器系统更新为每位角色拥有A、B、C、D四种武器，游戏初始阶段所有角色装备普通冲锋枪，通过获得标有A、B、C、D字母的红色猎鹰即可获得相应武器。以下为各角色的武器列表：A武器：雷激光 ；B武器：爆发弹；C武器：霰弹；D武器：跟踪导弹。茜娜使用机关枪，携带手雷；激光 为布罗尼的武器；方格林的C武器为破坏拳，D武器为火焰喷射器；超力破坏弹属于超能力武器。角色血量不再限制于一条命，而是全游戏过程获取，避免了单纯依靠堆命和 通关的策略。
游戏特色之一是首次出现分支路线和多结局设定，玩家的选择直接影响结局走向。结局共有五个，为游戏增添了更多探索和决策的元素。尽管MD主机在回转放缩功能上不及SFC，但KONAMI的 团队努力确保《魂斗罗·铁血兵团》的声光表现与前作相比毫不逊色。
NDS魂斗罗4：
34命代码:
在街机模式进行普通难度或者困难难度设置，等待第一关开始并在触摸屏（电脑模拟器看来行不通了）轻叩↑↑↓↓←→←→，再按BA，再轻叩触摸屏的中心。↑指的是触摸屏的上端，↓则是下端，←→则是左右两端。这个代码必须在你的人物从直升机落下还没到地面之前输完，所以需要非常快的手速，如果成功了你就会有34条命（魂4这游戏没有好枪给我50命估计也不够死的。）
升级武器：在暂停菜单输入KONAMI代码【↑↑↓↓←→←→BA】可以让你的武器满级，第二次输入直接死命【这里用了EITHER OR说明效果应该是随机的，真坑。】这个代码只能在普通和困难难度使用（简单难度默认得到的武器就是满级）
99命GLITCH【GLITCH意思是小故障，失灵。这里我感觉应该是99命的小BUG】
这个GLITCH可以让你获得99条命。为了让这个 奏效，你必须一条命都不剩了【也就是说只有在场的一条命，没有额外存命】，并且在你死的瞬间奖一条命【这……操作起来难度系数满星】最好的 就是杀第一关的小BOSS，因为这么做通常都会奖一条命。在第一个火球掉到你身上的时候立刻灭了BOSS【所以说还是需要掌握好自己的火力和BOSS的血量】
街机模式通关一次可解锁挑战模式
挑战模式解锁：
4关后出现1代
8关后出现2代
12关后可使用PROBOTECTOR
16关后出现 人的访谈
20关后可使用LUCIA
24关后出现3代的漫画
28关后可使用SHEENA
32关后出现4代漫画
36关后精神版JIMBO&SULLY（或BILL&LANCE）可使用
40关后可出现音乐测试(SOUND TEST)及设计原稿
魂斗罗调出30条命，必须要在开始的界面才可以使用秘籍，也就是下图这个画面。
游戏显示电脑在玩或者画面消失等等，那么就无法调出30条命。
在进入游戏选择双人或者单人界面的时候，我们需要快速操作，例如：W（↑）、S（↓）、A（←）、D（→），我们此时输入:WWXXADAD,这时画面会延长1秒，我们不要按其他键。
然后再次输入攻击（J）、跳跃（K）jkjk，就可以调出30条命了。
当成功后，再次进入游戏的时候你会看到头上的命，就比之前多上很多，双人模式也是一样的。
游戏区别：
版的故事发生在2633年（ 版本里面提到过陨石坠落的时间是2631年， 是陨石坠落事件的两年后，所以就是2633年，但是陨石却坠落在新西兰旁边的一个虚构群岛——加尔加群岛上。主角是Bill Rizer和Lance Bean。
美版主角Bill Rizer和Lance Bean变成“疯狗”（MadDog)和“蝎子”（Scorpion），而且是发生在1988年的南美洲玛雅神庙。
欧版由于出于某种顾虑，主角一直是机器人，这种状态一直到PS2时代才宣告结束。
此外1989年还在日式计算机MSX上有移植版。这个版本有血槽，有水下关卡，但它不是横板卷轴游戏，只能一人游戏，有十九个关卡。
2011年，KONAMI在中国大陆推出了街机版的《魂斗罗·进化革命》，这是移植自FC版本的复刻版，并将系统强化至类似魂斗罗4的方式，有四位角色可供选择，可以保留多种武器并自由切换。2013年推出Android和iOS版本。
