在钢1中，托尼被 袭击后，体内留下了许多弹片，危及他的生命，依森虽然尽可能帮他取出了一些弹片，但依然还有漏网之鱼在他体内。为了防止弹片进入重要 ，于是给他装个圆柱电磁铁，用汽车电瓶供电，吸住体内的弹片不往心脏隔膜前进，不过必须到处带着那个汽车电瓶移动，而且为了完成他的越狱计划，他决定造一个小型的，仿造他工厂的大型电弧发生器来给他吸住弹片。在依森的帮助下，用1.6.克钯元素造出了一个小型的方舟反应炉，有每秒30亿焦耳的能量输出，最后造出MARK-1号时，用它维持能量输出，逃出了 的手中。
回到马里布后，他想摘除一代方舟反应炉，换上新的，但是有个铜线在体内短路，最后被佩蒂取出，并被她偷偷留做纪念还给托尼。
在回到美国时，欧伯戴尔想研究他的方舟反应炉使公司发财，被斯塔克拒绝，最后，建造铁霸王时，其手下研究不出方舟反应炉，于是在托尼居所内将托尼暂时麻痹，并夺走了方舟反应炉，使得斯塔克生命垂危，最后重新将纪念的一代方舟反应炉重新装到自己体内，并穿上MARK-3号，阻止欧伯戴尔。在对战时因一代方舟反应炉能量过低，使得其最后无法飞行，在引爆工厂大型方舟反应炉，打败了欧伯戴尔后，托尼的一代方舟反应炉也受损严重，几近报废。
钢2里，斯塔克为追求强大能量输出以维持钢铁盔甲运做，斯塔克造出了二代方舟反应炉，由一块钯能量板进行能量输出，不过因为钯能量板的钯元素过大，使得斯塔克身体开始严重中 。
钢2中，伊万.万科根据霍华德.斯塔克与安东.万科的方舟反应炉设计图，造出了一个根据斯塔克说：转速低的方舟反应炉，不过就算这样，伊万也还是造出了有强大电流的电鞭，在摩纳哥法拉利赛中袭击了托尼，不过被MARK-5手提式装甲打败，并且被斯塔克捏碎了。
后来MARK-2被罗德抢走后，其斯塔克技术与方舟反应炉技术都落入了贾斯丁.汉默的手中，并在牢里救出了伊万，大肆造方舟反应炉与钢铁盔甲。而且后来，斯塔克为了防止身体中 致死，通过神盾局局长弗瑞的指引，找到了他父亲霍华德斯塔克的物品，发明了一种新元素，造出了新代方舟反应炉，特征为里面两个倒三角形。并且用这个造出了MARK-6，用其强大的能量发明了激光武器。在以后的故事中，斯塔克无再造新型的方舟反应炉。
在复仇者联盟里，托尼利用方舟反应炉为斯塔克大厦进行全方面供电，还保护了托尼不被洛基控制
在钢铁侠3中，斯塔克片尾做了手术，取出了弹片，无再需要方舟反应炉维持生命，到最后，托尼在海边把方舟反应炉扔入了海里，不再留做纪念，而是丢弃它与钢铁侠的传奇，（并不是说他不再当钢铁侠了）开始自己新的生活。
霓虹深渊无限方舟反应炉的刷取 如下：
第一步，解锁r6（卢卡斯）；第二步，打通主线简单难度第五关；第三步，进入主线简单难度第六关；第四步，进入第一个道具房间，查看两个道具是否有方舟反应炉；第五步：若否，退出回到大厅，重复三四步。
若是，捡起方舟反应炉，之后不要做多余动作，点击手机主页键，直接返回手机屏幕，清理游戏后台。
第六步，重新进入游戏，点击继续游戏；第七步，重复五六步八次；第八步，在第八次拿到方舟反应炉后，打通主线简单第六关；第九步，去天赋页面r6（卢卡斯）后的天赋里领取方舟反应炉。
特色系统：
宠物培养是该作的一大特色系统。在流程中玩家能获取到一些宠物蛋。和不少网游一样，拾取后它们会悬浮跟随在角色身后。当完成战斗，这些宠物蛋就有一定几率会孵化，孵化可能成功也可能失败。孵化出来后，玩家将随机获得一只带有特殊技能的宠物。宠物具有等级、血量的概念会随着战斗升级也会被消灭，等级提升后宠物的外观和能力都会产生显著变化。
