口袋妖怪黑2和白2，这两个版本分别都有两个周目，两者所在的地区均叫做：合众地区。
这两个版本在剧情上是基本一样的，区别如下：
钥匙系统：通关之后，黑2获得“挑战钥匙”，白2获得“助手钥匙”。
黑色摩天楼第五区通关后，黑2获得“摩天楼钥匙”，白2获得“树洞钥匙”。
捕捉雷吉洛克后，黑2获得“铁钥匙”，白2获得“冰山钥匙”。
野生精灵：小鸭嘴龙、跳跳猪、噗噗猪、卷卷耳、长耳兔、木棉球、风妖精、哥德宝宝、哥德小童、哥德 、毛头小鹰是黑2专有的野生精灵。
电击怪、向尾喵、优雅猫、呆火驼、喷火驼、百合根 、裙儿 、单卵细胞球、双卵细胞球、人造细胞卵、 小子是白2专有的野生精灵。
特殊精灵：
在4号路上，黑2每周四出现一只隐藏特性的 娜，白2每周一出现一只隐藏特性的勇士鹰。
在小波湾上，黑2每周一出现一只隐藏特性的雄性胖嘟嘟，白2每周四出现一只隐藏特性的雌性胖嘟嘟。
通关后在龙螺旋之塔，黑2可以捕捉捷克罗姆，白2可以捕捉雷希拉姆。
黑色酋雷姆与白色酋雷姆是酋雷姆与捷克罗姆或雷希拉姆合体而成，对合体的两只素材没有限制。
通关后在梦的遗址，黑2可以遇到拉帝欧斯，白2可以遇到拉帝亚斯。
在地底遗迹，使用黑2的“铁钥匙”可以开启雷吉斯奇鲁的房间，使用白2的“冰山钥匙”可以开启雷吉艾斯的房间，两把钥匙可以通信。
黑色摩天楼通关后可以获得闪光的圆陆鲨，白色树洞通关后可以获得闪光的迷你龙。
随着一周目的结束，主角也就会到了自己家，但这正意味着新的旅途的开始。
下楼后，会出现2个妈妈。她们会说起你碰到了2只传说中PM的事情。下面一个妈妈脱掉伪装露出了自己的真面目，原来他是神奥的 刑警Handsome(汉森)。他会赞扬主角和馆主的活跃，使等离子团的城堡毁灭了，部下散的散逃的逃。
但是七贤者依然潜伏在伊修大陆的各个地方，所以冠军推荐你参与汉森的调查。
同意协助他调查，得到超级钓竿。Handsome介绍钓竿用法后离开。
随即你就要去寻找六位贤者。出门后遇到两位劲敌。于是乎图鉴升级升级图鉴之后，基本只剩下支线剧情。来到第四个道馆的城镇，有很多设施的那个(精灵中心上面的左边一座民宅一楼左边的人可以拿秘传04怪力)，往右走过一段路到一座桥上，会遇到三个瞬移男，他们会给你金刚石，白玉，白金玉之后瞬移离开。
继续走会遇到一个研究所，该研究所是与前作联动的捕获地点，之后，研究院看见你身上有所有的勋章，然后惊讶了一番，便请你使用机器(DP，PT，HGSS)的PM传送过来，但是PM身上不能携带道具。
往右走过一座城市直接往右上出去，然后往上，在去新城市的门口找左边度假的少女谈话拿到秘传机器06潜水!在深的地方可以潜水，但只能去海底遗迹。海底遗迹在该城市右边海域，在上面的房子里可以遇到前作的冠军希罗娜，选是展开对战!
博士的研究所——每周的周六与周日可以与【贝尔】进行对战。
【LV63ムーランド、LV63ヤナッキー/バオッキー/ヒヤッキー、LV63ムシャーナ、LV65ジャローダ/エンブオー/ダイケンキ、LV63シャンデラ、LV63コジョンド】——好多经验！
去5号路，和【切莲】对话，之后去【冠军之路】，可以在出口附近遇到他，对话后格天王出现，剧情后与切莲进行战斗（此后：每天可以与切莲战斗一次）。
【LV65レパルダス、LV65ケンホロウ、LV65ギガイアス、LV65オノノクス、LV65ヤナッキー/バオッキー/ヒヤッキー（与你的初始PM属性相同的那个）、LV67ジャローダ/エンブオー/ダイケンキ（克制你的初始PM的那个，携带气息腰带）】——好多经验！
【听潮镇】——【新奥冠军：希罗娜】每天可以与她战斗一次（仅限春季）：
【LV75花岩怪、LV75シビルドン、LV75ウォーグル、LV75路卡利欧、LV77烈咬陆鲨、LV75美纳斯】——超多经验！
